عمده‌ترین معایب آجر عبارتند از:
پیچیدگی و از شکل افتادگی، ترک‌خوردگی، جوش شدن و نیم پزشدن، تیرگی رنگ، پوکی، آلوئک و شوره‌زدگی.
پیچیدگی :
پیچیدگی و از شکل افتادگی آجر یعنی خارج شده شکل آن از مکعب مستطیل به خاطر زیادی خاک رس در خاک آجر، و برای جلوگیری از آن باید خاک آجر را آزمایش و در صورت لزوم آنرا اصلاح کرد.
ترک خوردگی:
برای ترک خوردگی آجر دلایل مختلفی وجود دارد که عمده‌ترین آنها وجود ماسه درشت سیلیسی یا سیلیکاتی در خاک آجر و زیادی خاک رس در آنست.
جوش شدن:
جوش شدن آجر به دلیل وجود مواد گداز‌آور مانند اکسیدهای قلیائی در خاک است. عدم تناسب توزیع گرمای کوره در نقاط مختلف آجر سبب جوش شدن برخی آجرها و نیم پز شدن پاره‌ای دیگر می‌گردد.
تیرگی:
وجود سولفور آهن (FeS2 ) یا پیریت، باعث تیرگی رنگ و سیاهی آجرها می‌گردد.
پوکی:
پوک شدن آجر به علت وجود مواد آلی و کربنات‌ها در خاک آجر، زیادی آب در خشت و عدم تراکم کافی آن است.
آلوئک:
وجود کربنات کلسیم یا سنگ آهک به صورت دانه درشت درخاک آجر سبب ایجاد آلوئک در آجر می‌شود، زیرا سنگ آهک پس از پختن به صورت آهک زنده در آمده و به هنگام مواجه شدن با آب باران یا رطوبت، می‌شکفد و حجم آن از ۲۵/۱ تا ۵/۳ برابر افزایش می‌یابد در نتیجه سبب ترکیدن آجر می‌شود که به آن آلوئک می‌گویند. برای جلوگیری از ایجاد این عیب خاک آجر را باید سرند کرده و دانه‌های درشت ماسه را از آن خارج کرد. علاوه بر این آجرهای مورد مصرف در نما را باید قبل از مصرف در آب خیساند تا خوب آب بمکد و چنانچه آلوئک در آن وجود دارد بشکفد و عیب آن ظاهر شود.
سفیدک یا شوره‌زدگی:
سفیدک دارای انواع مختلف کربناتی، سولفاتی، کلروری و نیتراتی است.
سفیدک کربنات:
چنانچه آجر، آب آهک مکوجود در ملات‌های سیمانی و آهکی را بمکد و سپس این آب آهک با CO2 هوا ترکیب شود CaCO3 تشکیل می‌شود که روی دیوار ایجاد سفیدک کربنات می‌کند. سختی آب ملات نیز سبب تشکیل کربنات کلسیم روی سطوح آجری می‌شود. آب باران که معمولاً مقداری CO2 و آب، CaCO3 آن به صورت شوره روی سطوح نمای آجری باقی می‌ماند. راه جلوگیری از ایجاد این گونه شوره، خیس کردن کامل آجر قبل از مصرف برای سیراب کردن آن و جلوگیری از مکیدن آب آهک ملات، مصرف نکردن آب سخت در ملات و بالاخره آب‌پاشی سطوح دیوار نوساز قبل از بارندگی است.
سفیدک سولفاتی:
این سفیدک موقعی بروز می‌کند که ملات مصرفی در دیوار گچی باشد یا در ساخت ملات، آب سولفات دار مصرف شود یا خاک آجر، حاوی سولفات‌های گوناگون باشد. آب باران و آب‌های زیرزمینی که در این گونه کارهای آجری نفوذ کنند سبب حل کردن سولفات‌ها در خود و زدودن آنها می‌شوند و پس از تبخیر، سولفات‌های محلول به صورت سفیدک سولفاتی روی نمای دیوار به جا می ماند و این عمل تا آنجا ادامه پیدا می‌کند که سولفات موجود تماماً رو بزند. روش جلوگیری از آن، عدم مصرف آجرهای سولفاتی، ملات‌های گچی و آب سولفات‌دار است.
سفیدک کلروری:
در اثر مصرف اسید کلریدریک برای پاک کردن سفیدک کربنات، این اسید با کربنات کلیسم ترکیب شده و تشکیل کلرور کلسیم می‌دهد که پس از خشک شدن نما، به صورت شوره روی دیوار باقی می‌ماند. علاوه بر آن سبب جدا شدن ملات از آجر و طبله کردن اندود نیز می‌شود. اگر در ملات آب کلروردار مصرف شود یا در خاک آجر، کلرور موجود باشد نیز سفیدک کلروری روی سطح دیوار ظاهر می‌شود. کلرورها به طور کلی دارای خاصیت جذب رطوبت و به اصطلاح نم کش هستند و در هوای نمناک نم می‌کشند و روی دیوار لکه‌های رطوبت ظاهر می‌شود. پس از خشک شدن کلرور به صورت بلوری برجا می‌ماند. تر و خشک شدن پیاپی دیوار سبب بلوری شدن و غیربلوری شدن کلرورها شده و نهایتاً منجر به خرابی ملات می‌گردد. راه جلوگیری از ایجاد این نوع سفیدک مصرف نکردن آب و آجر کلروردار و خیس کردن دیوارهایی است که قرار است با اسید کلریدریک شسته شوند.
سفیدک نیتراتی:
این نوع سفیدک هنگامی ایجاد می‌شود که آجر از خاک شوره‌دار درست شده باشد یا در آب و ماسه ملات شوره وجود داشته باشد. شوره نم کش است و در هوای نمناک بخار آب را جذب کرده و دیوار نمناک می‌شود و پس از خشک شدن آن شوره‌ای که رو زده است به صورت سفیدک نیتراتی روی دیوار ظاهر می‌شود. آلوده شدن آجر به موادی نظیر ادرار، پهن و کودها، و برخی گیاهان که دارای مواد نیتراتی هستند نیز باعث شوره‌زدگی می‌شود. مجاورت دائمی کارهای آجری با مواد و آب‌های نیترات‌دار سبب پیدایش نیترات کلسیم می‌شود .که باعث لقی ملات شده و کاهش افزایش پیاپی رطوبت، منجر به متلاشی شدن ملات‌ها و خرابی کار می‌گردد.
برای جلوگیری از این نوع سفیدک، باید از مصرف آجر و ماسه و آب نیترات دار پرهیز کرد و جلو نفوذ آب‌های نیترات‌دار به ساختمان را گرفت و از آلوده شده اجزای ساختمان به مواد نیترات‌دار جلوگیری نمود.
شوره سبز:
شوره سبز رنگی که گاهی اوقات روی سطوح آجری مشاهده می‌شود به علت وجود املاح وانادیوم در خاک آجر است.
نخست باید با دقت زیاد طوری که دویار خراشیده نشود از سفیدک نمونه‌برداری و جنس آن را شناسایی کرد سپس منشأ پیدایش سفیدک را که معمولاً نشت آب‌های زیرزمینی و آب باران است شناسایی و نسبت به جلوگیری از نفوذ آب به کار آجری اقدام نموده و پس از آن سفیدک را از سطوح نما پاک کرد. سفیدک و شوره غالباً به صورت بلورهای الیافی ریز هستند و می‌توان آنها را به آسانی و به وسیله برس سیمی یا جاروی علفی پاک کرد. چنانچه سطوح دیوارها پس از برس‌زنی باز هم دارای ظاهر خوب نبود بهتر است با آب تمیز شستشو داده و برس‌زنی مجددی انجام و دوباره آنرا آبکشی کرد. اگر باز هم ظاهر کار خوب نبود باید ابتدا سطح دیوار را با آب کاملاً خیس کرده و از محلول ۱ به ۹ اسید کلریدریک برای تمیز کردن سفیدک کربناتی استفاده کرد و سپس دیوار را آبکشی کرد. پیدایش ناگهانی شوره و سفیدک روی سطوح دیوارها غالباً به دلیل نفوذ رطوبت است. شوره‌های سبز رنگ را باید به وسیله برسی که آغشته به محلول هیدروکسید سدیم با غلظت ۳۰۰ گرم در لیتر است پاک کرد. این عمل، خود سبب ایجاد رسوبات سفید نمکی بر روی دیوار می‌شود که پس از سه روز می‌توان آنرا با آب شست. همچنین با محلول اتیلن دیامین تترااستیک اسید (EDTA) با غلظت یک قسمت در ۱۰ قسمت آب این لکه‌ها را می‌توان زدود، ولی مصرف اسید کلریدریک برای از بین بردن این قبیل لکه‌ها نه تنها مؤثر نیست، بلکه سبب تثبیت آن شده و رنگ آنرا تبدیل به قهوه‌ای می‌کند.
مصرف کلرورباریم (BaCl2 ) برای جلوگیری از سفیدک‌های سولفاتی نتیجه ای ندارد زیرا دراثر ترکیب با این قبیل سفیدک‌ها سولفات باریم غیر محلول ایجاد می‌شود که از بین بردن آن مشکل است.
اگر علاوه بر سفیدک، آجرها یا ملات‌ها یا اندود روی دیوارها دچار خوردگی شده یا ترک برداشته باشد، ابتدا باید این معایب را بر طرف کرده و دیوار را خوب شستشو داد. پاشیدن یک تا سه دست قیر محلول ( یک قسمت قیر خالص با درجه نفوذ تا ۱۰۰ و سه قسمت نفت سفید ) روی دیواری که تمیز و خشک شده و اندود کردن روی آن با ملات ماسه سیمان نتیجه مطلوبی داشته است.
لک شدن آجر:
بعضی از آجرها پس از قرار گرفتن در دیوار لک می‌شوند که به خاطر وجود املاح آهنی است و این مسئله بیشتر نگاهی اتفاق می‌افتد که آجر در انبار یا در موقع کار شدن از آب اشباع شود.
راه جلوگیری از لک شدن به خصوص اگر در مورد آجرهای مشابه مشاهده شده باشد، این است که حتی المقدور آنها را دور از آب و رطوبت نگهداری کرده و پس از کار شدن حدود ۶ تا ۸ هفته نمای آجری را بندکشی نکنیم و در موقع بندکشی نز تا حد امکان از تماس آب با سطح نما جلوگیری نماییم.
با گذشت زمان احتمال لک برداشتن آجر کاهش می‌یابد.